"Suzume" es una historia de madurez para su protagonista de 17 años, Suzume, que se ambienta en varios lugares de Japón afectados por desastres, donde deberá cerrar las puertas que están provocando la destrucción. El viaje de Suzume comienza en un tranquilo pueblo de Kyushu (situado al suroeste de Japón) cuando se encuentra con un joven que le dice: "Estoy buscando una puerta".

Lo que Suzume encuentra es una única puerta desgastada que se mantiene en pie en medio de las ruinas, como si estuviera protegida de cualquier catástrofe. Como atraída por su poder, Suzume se acerca al pomo... Las puertas comienzan a abrirse una tras otra por todo Japón, desatando la destrucción sobre cualquiera que se encuentre cerca. Suzume deberá cerrar estos portales para evitar más desastres.